Pramení v krkonošském předhůří. Až po Chlumec nad Cidlinou teče převážně jižním směrem, pak se prudce otáčí na východ a u Poděbrad ústí zprava do Labe na ř.km 70,5. Plocha povodí měří 1160 km2. Délka sjížděného úseku je 76 km.

Cidlina je typicky lučinatá řeka, která protéká rovinami polabské nížiny. Volně proudí rozsáhlými loukami v otevřené krajině, občas ji lemuje stromoví, břehy jsou většinou regulovány. Její vodu používají průmyslové a potravinářské závody a silně ji znečišťují. Plavba býva bez problémů a bez nebezpečí. Musíme však u jezů volit jízdu náhonem nebo řečištěm podle okamžitých vodních stavů nebo podle provozu na těchto vodních dílech. Klíčovým místem jsou Smidary, kde odbočuje I.Mlýnská Cidlina , kterou většinou použijeme. Do Cidliny se vrací u Nového Bydžova. Pod Chlumcem nad Cidlinou odbočuje II.Mlýnská Cidlina, která se vrací v Končicích. Pokud jde tudy voda, využijeme ji raději než hlavního řečiště. Pod Zbraní vplouváme na hladinu Žehuňského rybníka, který je státní přírodní rezervací. Rybník a jeho okolí je hnízdiště vzácných vodních ptáků. Toho si musíme být při průjezdu vědomi a chovat se tiše a ukázněně. Je proto vhodnější využít náhonu, který vede po levé straně rybníka. Na ř.km 8,3 odbočuje vpravo Sánský kanál, spojující Cidlinu s Mrlinou. Dnes je silně zarostlý a pro vodní turistiku bezvýznamný.