Protože kapacita tohoto nádraží nestačila, v rámci budování nové železniční trati Pardubice - Liberec (1855-1859) bylo v jeho sousedství postaveno druhé nádraží (č. p. 206), které bylo v letech 1905-1907 modernizováno a rozšířeno o budovu č. p. 2801 včetně přestavěného objektu prvního nádraží č. p. 205 (viz celková situace nádraží na leteckém snímku z roku 1937), a následně nahrazeno současným (třetím) nádražím (č. p. 217), jež je v provozu od 1. 5. 1958.
Finální projekt modernizace druhého nádraží připravil Franz Uhl, mimo jiné autor brněnského hlavního nádraží (1899-1904). Měl zvýšit kapacitu odbavovaných cestujících i nákladu a rozšířit služební zázemí. Všechny tři propojené budovy (prvního nádraží č. p. 205 a druhého č. p. 206 s propojujícím č. p. 2801) dostaly reprezentativní historizující styl (více viz Matěj Bekera, Jan Ivanega a Veronika Schebelová: Cesta k modernímu městu Pardubice 1882-1945. Vydalo VČM Pardubice 2024, s. 74-78).
